迷失岛2的核心任务是探索神秘岛屿并解开层层谜题以逃离。游戏开始后玩家会在陌生房间醒来，需临摹画板图案作为后续线索，随后进入客厅与老奶奶对话获取关键信息，包括邮筒钥匙、工厂机关和时间机器等。在阁楼需解开第一个机关门，通过移动石块沿黑线到达指定位置，进入二楼后记录黑板上的公式与箭头标记，翻阅笔记本获取钥匙并留意被撕页面的刻印痕迹。时间机器需要两块特殊石块激活，此为后续重要目标。
离开小屋后需用钥匙打开信箱取得船票，前往码头将船票交给船员，得知灯塔密码为北南西东东北。进入灯塔需输入密码，在三楼完成灯泡下方的随机谜题以点亮灯塔。灯塔二楼需与小男孩互动，交出空瓶获取漂流瓶图案，此线索关联神庙解谜。工厂区域需解开灯光机关，进入后获取灯泡和时间石块，与研究员对话后修复断线设备并提交飞鱼样本，换取刀具用于剖开鲸鱼获取鱼骨和矛头。
返回公寓使用铅笔涂抹笔记本撕页处显露出密码，将两块时间石块放入机器并根据工厂线索启动时光机。穿越到过去需用蓝色石块打开石门，完成拼图获取绿色药水；回到现在需麻醉蜣螂记录背部花纹，再次穿越过去用该花纹开启石室。海边场景需驱赶蜥蜴和海鸥获取白色羽毛，用铁锹挖出异形块。石柱阵需按画布图案排列获取新线索，工厂内给外星人饮用绿色药水可推进剧情。
最终阶段需在火箭二楼放入异形块获取红花，破解休眠仓密码与宇航员对话。将金色石块放入神庙一楼，通过所有石像眼睛方向判定获取蓝色能量块，返回飞船启动引擎完成逃离。二周目会新增六个三角形石块收集任务，用于开启神庙密室，需按分布图摆放。金字塔密室需解开华容道谜题，工厂铁箱则需参照神庙壁画的眼睛睁开规律解锁，最终输入密码4325完成全部挑战。
游戏进程中需注意漂流瓶、笔记本撕页等细节线索的关联性，部分谜题答案隐藏在NPC对话或环境细节中。背包空间有限需合理规划物品携带顺序，关键道具如时间石块、异形块等不可遗漏。多周目玩法会新增密室与成就，建议完整探索各区域并记录图案密码类信息。
